К сочинению «Бориса Годунова» Мусоргский приступил в октябре 1868 года. Работа продвигалась чрезвычайно быстро. Чуть более года понадобилось композитору, чтобы завершить клавир и партитуру первой редакции к декабрю 1869 года. Осенью 1870 года Мусоргский представил законченную оперу в дирекцию Императорских Санкт-Петербургских театров. Однако музыкально-театральный комитет, состоявший из капельмейстеров театра, отклонил её и вернул автору. Как писал впоследствии Римский-Корсаков: «Новизна и необычайность музыки поставили в тупик почтенный комитет, упрекавший, между прочим, автора и за отсутствие сколько-нибудь значительной женской партии...». Драматургия оперы в первой редакции, правда, вызвала и серьезные возражения среди друзей Мусоргского. Критик Владимир Стасов упрекал автора за то, что он «сузил» трагедию Пушкина до личной драмы царя Бориса. Так сложилось, что эта редакция оперы впервые была поставлена на сцене Мариинского театра только в 1997 году.

К июню 1872 года Мусоргский создал вторую редакцию оперы — без Сцены у собора Василия Блаженного, но с «польским актом» и новой заключительной картиной (Сцена под Кромами). Ко времени премьеры (27 января 1874 года, в Мариинском театре) был выпущен клавир оперы, сочетавший в себе музыку обеих предыдущих версий. Таким образом, появились три авторских текста «Бориса Годунова». Вслед авторским версиям возникли и самостоятельные неавторские, из которых самая известная — Римского-Корсакова, оставившая без изменения считанные такты оригинала. Среди других версий: Ламма (партитура и клавир по автографам, 1928 год), Шостаковича (инструментовка «ламмовского» клавира, 1940), английского дирижёра и музыковеда Ллойд-Джонса (сводная редакция авторской партитуры и клавира, 1974, 1975).

В Мариинском-Кировском театре опера ставилась неоднократно, начиная с 1874 года — 10 оригинальных постановок! B историю русского оперного театра, безусловно, вошел спектакль Всеволода Мейерхольда (1911 год, художник — Александр Головин), в котором в партии Бориса выступил Фёдор Шаляпин. В советские времена за «Бориса» брались замечательные мастера Сергей Радлов (1928 и 1941, художники — Владимир Дмитриев и Фёдор Федоровский), Илья Шлепянов (1949), Борис Покровский (1986). Редакция 1869 года впервые была поставлена в Мариинском театре в 1997 году Александром Адабашьяном, а затем в 2002 — Виктором Крамером в сотрудничестве с художником Георгием Цыпиным.

«Борис Годунов» — любимая русская опера Грэма Вика, который начал сотрудничество с Мариинским театром в 1990-е с «Войны и мира» Сергея Прокофьева. Вик ставит первую авторскую редакцию оперы 1869 года. Детали постановки режиссёр и его соавтор, художник Стюарт Нанн, держат в тайне.

Грэм Вик о смыслах оперы: «В 16-м веке всероссийский самодержец Иван Грозный просит руки королевы Англии Елизаветы I. Вскоре после этого Холиншед публикует свои исторические хроники, в которых Шекспир обнаружит историю одного из шотландских королей — Макбета. Спустя 300 лет Карамзин напишет „Историю государства Российского“, из которой Пушкин позаимствует идеальный сюжет для своей драмы в шекспировском духе — „Борис Годунов“. И снова далекая история будет переосмыслена как универсальная драма. Экзистенциальные поиски 19-го века разродились трясиной нигилистских произведений, изображающих цикл человеческой жизни, как изначально обречённый на провал. От вагнеровского „Кольца“ до ошеломляющего сочинения Мусоргского — „Бориса“, человек, движимый сложнейшими стремлениями и притязаниями, одержимый потребностью в бессмертии и столько всего создавший, приходит к отрицанию, разочарованию и опустошению. Пимен пытается обессмертить себя не в ученике Отрепьеве, а в своем „детище“ — своей „Летописи“; Борис ищет бессмертие в своём сыне, которому завещает трон, принесший ему самому лишь страх и отчаяние. Ради кого? Ради Фёдора или ради себя? Церковь пытается увековечить себя через союз с Борисом — не является ли разоблачение Отрепьева и своевременная панихида по Димитрию всего на всего политическим маневром с целью упрочения земной власти? Великие писатели и композиторы берут за основу былые истории, однако видеть прошлое и провидеть будущее они могут только сквозь призму собственного опыта. Сценическая интерпретация оперы Мусоргского подразумевает поиск театрального языка, живого для нашего времени, на котором может вестись диалог о том, насколько мы схожи или различны с персонажами из тех далеких времён».